Bei der Behandlung der sexuell übertragbaren „Feigwarzen Geschlechtskrankheit“ unterscheidet man grundsätzlich zwischen der „kausalen und der symptomatischen Therapie“. Wichtig ist, dass beide Sexualpartner sich einer dieser Behandlungsformen unterziehen.

Bei der kausalen Therapieform werden die Feigwarzen durch das Auftragen spezieller Cremes wie „Imiquimod“ oder „Interferon“ (nur nach einer vorhergegangenen chirurgischen Behandlung) sowie die die Krankheit auslösenden Viren bekämpft. Je nach Creme werden die befallenen Stellen über mehrere Wochen hinweg mit der Tinktur von dem Erkrankten selbst eingerieben, wobei der Behandlungserfolg bei der Anwendung dieser Methode bei jedem Patienten unterschiedlich ist. Bei bis zu 20 % der Behandelten treten in Folge einer Feigwarzen Behandlung mit Cremes die Feigwarzen später wieder auf, und auch unangenehme Nebenwirkungen sind insbesondere bei der Interferon Behandlung nicht auszuschließen.

Die symptomatische Methode setzt durch Entfernung der Warzen auf einen Behandlungserfolg.
Durch Verätzen der Warzen mit „Podophyllotoxin“ (Selbstanwendung) oder „Trichloressigsäure“ (von einem Arzt auszuführen) werden die betroffenen Stellen behandelt, wobei es bei beiden Fällen zu starken Nebenwirkungen wie Brennen oder kurzzeitigen Schmerzen kommen kann.
Auch die sogenannte „Kryotherapie“ (Vereisen der Warze mit Flüssigstickstoff durch einen Arzt) kann zur Feigwarzen Behandlung eingesetzt werden. Der dauerhafte Behandlungserfolg liegt bei der dieser fast nebenwirkungsfreien Methode bei bis zu 75 %.

Das chirurgische Entfernen der Feigwarzen mit Laser oder Skalpell ist weder effektiv noch ungefährlich. Über 70 % der auf diese Weise entfernten Warzen kehren nach kurzer Zeit wieder, und auch Narbenbildungen sind nicht auszuschließen.